Mercogliano è situato alle falde meridionali del Massiccio del Partenio e presenta un territorio che, dal punto di vista naturalistico e paesaggistico, risulta tra i più interessanti del Meridione d'Italia.
Il monte Partenio, sul quale intorno al XII secolo fu eretto il celebre santuario dedicato alla Madonna di Montevergine, domina, con i suoi 1493 metri di altezza, l'intero territorio circostante.
Il territorio comunale, che rientra parzialmente nel Parco Regionale del Partenio, è dominato dai boschi caratteristici del Massiccio del Partenio, costituito in prevalenza da castagneti da frutto e da cedui di castagno, fino ai 1000 mt. di altitudine, e da faggete oltre i 1000 mt.
Suggestivi sono il laghetto montano in località Campo Maggiore, a circa 1300 mt. s.l.m., quasi sempre asciutto d'estate, e l'Oasi del Partenio caratterizzata da una vasta area corrispondente all'incirca al territorio ricadente all'interno del Parco.
Per ricreare l'originale habitat naturale sono stati effettuati ripopolamenti con cinghiali, lepri, fagiani, starne e coturnici.